Debido a que sus padres se van de viaje, Karma es transferido a un instituto de Inaba, un pequeño pueblo, donde vivirá con su prima y su tío, al mismo tiempo, su tío estaba investigando una serie de crímenes, en los cuales Karma se acabará viendo involucrados después de un suceso accidental cuando estaba con un amigo. Gracias a dicho suceso Karma y su amigo descubren a unos seres llamados Persona, los cuales les servirán de ayuda para cumplir su objetivo, detener los crímenes que suceden. Poco a poco Karma va haciendo más amigos que se unirán a su causa, a la vez descubrirán cosas de ellos mismos que creyeron haber enterrado en lo más profundo de su mente.