EVANGELION: La desaparición de Rei Ayanami

1 de Mayo de 2013. En Tottenville, una pequeña ciudad costera del Estado de Nueva York, ha ocurrido una tragedia. Diez ciudadanos son abatidos a tiros en el estacionamiento de una gran zona comercial. Entre ellos se encuentra dos familias con sus hijos que corrían huyendo de los disparos, y una joven que es alcanzada en el interior de su vehículo por una de las balas perdidas del asaltante. La joven era Maya Ibuki, ingeniera jefa en la empresa más importante de la ciudad de Tottenville: NERV.

La policía consigue atrapar al asesino y cierra el caso el mismo día. Sin embargo ya nada volverá a ser lo que era en aquella pequeña ciudad.

Casi diez años más tarde, a principios de 2022 una nueva tragedia vuelve a salpicar la ciudad y a la empresa NERV: Su director general, Gendoh Ikari fallece y su principal mano derecha, la joven Rei Ayanami ha desaparecido.

¿Qué ha sucedido con Rei?

Un joven Shinji Ikari, con la ayuda de Asuka, Misato y Kaji, deberán encontrar todas las respuestas a la misteriosa desaparición.