O Livro Flor do Luar, primeiro livro da série As Flores das Sombras, narra a história de Hamiya, uma criança órfã e sem memória com um habilidade extraordinária. Sua vida muda aos 10 anos após ser salva por um aprendiz samurai chamado Gawon, onde a leva para seu mestre que fica impressionado com seu poder e decide treina-la. Agora integrante do Clã Shengkai, um clã voltado apenas para o amparo de mulheres, órfãos e viúvas pertencentes ao império de Toya, onde ela treina por longos anos o caminho da espada, estratégia em batalha, política e história. Hamiya então é convocada por uma facção ninja que busca justiça pelas pessoas, principalmente mulheres, As Flores das Sombras, uma organização secreta ligada diretamente com a imperatriz. Entretanto, mesmo depois de árduos treinamentos e estudos, seu poder ainda continua um enigma e, para desvenda-lo, ela terá que alternar entre revisar histórias passadas e, ao mesmo tempo, enfrentar uma guerra que há muitos anos vinha sendo adiada. A história se alterna também com a narração de outros personagens demostrando o seu ponto de vista em relação a protagonista.