Tokyo, premier quart du 21ème siècle, Japon. L'Ordre des Templiers, sous couvert d'Abstrego Industries et avec l'aide de la corporation Blume, voit son influence grandir au sein de la capitale. La Confrérie des Assassins, jusqu'alors dépourvue d'agents en territoire nippon, décide d'y envoyer un de ses novice les plus prometteur : Yoshigo Riatla. Avec l'aide de l'organisation DedSec, ce dernier va devoir accomplir la mission la plus importante qui lui aura jamais été confié : arrêter les templiers dans leur ascension et protéger le fragment d'Éden, caché quelque part sur l'archipel du soleil levant. Lui qui n'était jusqu'alors qu'un homme normal, coupé du monde par son entrainement d'assassin, le voilà soudainement embarqué dans une quête qui l'emmènera au-delà du pensable et du connu, mais aussi à la découverte de lui-même et de qui il est vraiment, de ce qu'il renferme en lui.