Naruto Uzumaki es el Hokage de Konoha y viudo desde hace cinco años. Sarada Uchiha es una joven ninja de 18 años de edad. Ambos viven un amor imposible de concretar ya que si se llegase a descubrir Naruto perderia su puesto de Hokage y su libertad debido a las estrictas leyes que rigen en Konoha sobre qué debe y no hacer el Hokage. Una noche Naruto es atacado por un conocido suyo quien utilizó una extraña técnica logrando encerrarlo en su propio cuerpo. Ahora Boruto y Sarada deberán hacer su mayor esfuerzo para liberar a Naruto antes de que sea demasiado tarde y quede atrapado para siempre en ese estado de coma eterno o su atacante lo mate.