Nos encontramos en el año 2070, Taiyo Tsurumi es un chico de 17 años que vive con su madre en la futurista ciudad de NeoTokio. Tras la inesperada muerte de su madre, Taiyo intenta suicidarse, lo que le lleva a sellar un pacto con la yokai Akame, obteniendo un extraño poder llamado Jagen.
El 15 de octubre 2070, la Tierra es atacada por una raza alienígena causando la destrucción de gran parte de los países. Los países supervivientes crean una alianza con el objetivo de mantener la vida en el planeta. Tras 5 años, la Coalición de los países unidos envía una expedición en el Transbordador Destroyer I para erradicar a la raza alienígena en su planeta natal, Génesis. Esta misión estará dirigida por la General Makise Warhart, conocida por sus métodos de supervivencia intergalácticos. Junto a un millón de personas, entre las que se encuentra infiltrado Taiyo, emprenden el viaje hacia Génesis. Los eventos se suceden de forma inesperada cuando la General Warhart decide comenzar "La Selección" y Taiyo conoce al hombre que cambiará su destino, Mirai.