A volta de Naruto para a vila da folha marca o ínicio do ataque da Akatsuki, a expectativa e a apreensão das batalhas começam a preocupar Kyra e Kakashi. Os dois precisam lidar com os seus sentimentos e com as escolhas difíceis que vão aparecer. . . Kyra se envolve cada vez mais dentro da organização e seus sentimentos entram em conflito, os conceitos de moralidade, justiça e paz também começam a turvar dentro de si mesma. Viver ao lado de Tobi passa a mexer com seu coração, fazendo com que Kyra proteja o renegado e comece a se importar com ele tanto quanto a vila. Até que ponto essa amizade poderá interferir em sua missão? . . Kakashi começa o treinamento de Naruto para ajudá-lo a evoluir e enfrentar Sasuke de igual para igual, em uma tentativa desesperada de trazer seu time de volta e principalmente a sua familia. Os inimigos evoluem e se tornam cada vez mais dificeis as batalhas travadas e as perdas são inimagináveis. . . Kyra seduzida pelo lado negro, Kakashi sacrificando seus ideiais, Naruto disposto a se matar para salvar o amigo, Sasuke imerso na escuridão. A parte três trás a recontagem do Naruto Shippuden, vem conferir a parte final da aventura de Kyra e Kakashi.
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