Ha pasado un año tras lo ocurrido en la historia del videojuego original. El mundo trata de reconstruirse tras lo acontecido y Shinra, terriblemente afectada, trata de volver a levantar cabeza y volver a ser lo que era. Por otra parte los miembros de Avalancha cada vez son más numerosos, a causa de la gran crisis, la gente se ha concienciado y quieren poner fin de una vez por todas a la gran empresa que amenaza la salud del Planeta. El Presidente Rufus, en un intento desesperado por hacer resurgir su empresa, idea un plan en el que ha de contar con la participación de una desconocida Soldado de poca formación a la cual piensa infiltrar dentro de la celula de terroristas por tal de deshacerse de una manera discreta de ellos. Este es solo el comienzo de la aventura, pues a medida que las cosas vayan avanzando, nuestros principales protagonistas se irán topando con una serie de problemas inesperados con los que no contaban y con la aparición de distintos personajes que nadie había invitado
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