Após o término da batalha das cidades, Yugi e seus amigos têm um breve momento de paz, no qual uma grande surpresa se revela: Yugi reencontra sua pequena irmã gêmea, da qual ele estava separado há um tempo. Essa nova garota traz consigo novos mistérios e enigmas que contarão mais sobre a história do grande Faraó Sem Nome.