As 12 Armas Sagradas caíram nas mãos de Kanon, que agora comanda Atlântida e o mundo disfarçado de Tritão. O deus maligno filho de Poseidon foi trancafiado pelo general de Dragão Marinho na Prisão do Cabo Sounion, com a ajuda do poder do Tridente de Poseidon que Kanon roubou do Templo Submarino.
Após os fatos da Saga da Amazônia e da Batalha na Torre de Babel, mais e mais pessoas, cidades e países têm se voltado contra Atlântida e passado a seguir os preceitos de liberdade pregados pela Rebelião de Athena.
A fim de subjugar a todos os que se opõem a ele, Kanon planeja reativar uma terrível arma que havia sido selada pelo próprio Poseidon, O Olho de Polifemo, capaz de dizimar um país inteiro com um único disparo, utilizando o poder das 12 Armas para energizá-lo.
Seiya de Centauro Marinho, Shun de Amphitrite, Shiryu de Azure , Hyoga de Aegir, Mu de Elfo do Mar, Aldebaran de Ofiotauro e Ikki - O Fênix, acompanhados de Athena, tem apenas 14 horas para cruzar as quatorze ilhas que ficam no caminho para a Fortaleza de Atlântida, onde Kanon se encontra. Cada ilha é guardada por um dos poderosos Capitães Marinas, que estão com as Armas Sagradas sob seu poder!
A verdadeira jornada dos Cavaleiros de Athena apenas começou!