después de lo ocurrido en megaman X1, X ahora que tiene nombre civil: "Rock" el dr cain lo envio a metrópolis por un tiempo debido a que quería que X descanse y pueda vivir tranquilamente hasta que se le llame para acabar con los mavericks,ahora vive en una mansion del dr light en metropolis, ahora es un estudiante de secundaria,pero hubo una guerra de comida en la que 5 chicas y el son enviados a detención hasta que llega una chica de aspecto griego hace que ellos sean un equipo de héroes adolescentes y así salvar a metrópolis de cualquier y todas las amenazas.