•Una expedición liderada por Misako, Wu y Clutch Powers a desaparecido. Con tanto en juego, los Ninjas se embarcan en una misión de rescate a una isla inexplorada. Un pedazo de tierra que nunca se ah cartografiado, debido a extrañas tormentas eléctricas interminables. Los ninjas localizaron al único sobreviviente y lo convencen de que sea su guía •Los poderes de Nya se ven interrumpidos, los Ninjas parten en busca de respuestas, que podrían estar en la antigua Maestra del Agua, Maya Smith, la madre de Kai y Nya. En la búsqueda, se encuentran en el fondo del océanos interminables donde descubren que sus poderes están vinculados a una antigua criatura mítica. •Después de la desaparición de Nya, los ninjas se dividen. Pero un misterioso villano conocido como "el Rey Cristal" aparece y los obliga a formar equipo de nuevo
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