Una nota de amenaza llega al gobernador Yuuichiro Asakura, el día anterior a la apertura de la línea Touto. El mismo día del viaje inaugural del tren subterráneo, Conan consigue frustrar el plan, pero pronto descubrirá que eso era un aviso y que en realidad los planes que tiene son mucho peores. Conan al revisar la historia de Asakura, descubre que el gobernador mandó construir una presa en el pueblo de Kitanosawa, de la prefectura de Niigata, lo que hizo desaparecer el antiguo poblado situado allí. Conan junto a Ran, TN, Kogoro y la Liga Juvenil de Detectives viajan a Kitanosawa para investigar. Coincide con el quinto aniversario de la construcción de la presa y allí, Conan se encuentra con cinco personas que vivían en el antiguo pueblo de Kitanosawa y no se veían desde hace ocho años. Conan conocerá a Touma, un chico que lleva en coma ocho años, tras precipitarse al vacío desde la montaña y que poco a poco va recuperando la memoria. Durante la estancia en el pueblo, Conan verá cómo se complica el caso, ya que asesinan a un miembro del grupo de antiguos amigos. ¿Por qué está Touma tan asustado? ¿Cuál es la verdad que guarda su memoria? ¿Qué propósito tiene el culpable que hizo estallar la línea de tren subterránea? ¡Una gran tragedia acecha a la ciudad de la presa!
Un nuevo torneo surge a tan solo meses de la victoria del Inazuma Japón en el FFI, los seleccionados con la emoción palpitando dentro de ellos al saber que admitirían chicas en el equipo.
Pero no todo es como creían, la llegada de un misterioso equipo femenino poniendo en aprietos a los jugadores del Raimon, quienes se ven amenazados con perder aquello que tanto aman.
Nuevos caminos se abren para los jóvenes, teniendo la oportunidad de conocer nuevas personalidades, pero con ello se desenvuelven oscuros secretos que los expone a nuevos peligros.
¿Podrán con estos desafíos? ¿Serán capaces de proteger lo que más adoran?
Las respuestas encontrarán, pero para ello deberán recorrer aquella misteriosa senda que el destino les preparó...