Dois anos após os eventos do Team Plasma, Hugh finalmente decide sair na sua jornada rumo a Liga Pokémon na via de tentar treinar-se um melhor treinador possível. No entanto uma misteriosa jovem treinadora que veio morar na sua cidade acaba-se juntando a ele na sua jornada. Mas nem tudo permanece calmo porque sombras do passado voltam pra atormenta-lo...