Spyro y sus amigos sean enfrentados contra muchas amenazas, luchando por la amistad y la justicia para proteger el reino, sin embargo, despues de derrotar junto al Imaginator a Timieblas. Al fin puede descansar, hasta que un día aparecen unas extrañas auroras boreales en el cielo de la academia, ¿Quién se imagina que eso provocaría algo inesperado?
Esta historia trascurre despues de derrotar a Timieblas. Los Skylanders siguen viviendo sus vidas normales, salvando al mundo cada día con sus hazañas heroicas, el maestro Eon decide que es hora de tomar un respiro de las misiones, mientras que investiga algo súper secreto o es lo que él dice, a la vez que Spyro, Cynder y Stealth Elf junto con el imaginator que creo Eon, miran el atardecer, donde ven como se manifiestan unas auroras doradas, cuando las miran sorprendidos, el imaginator empieza a sentir algo extraño en el ambiente y desaparece.
Estos al ver eso, deciden ir rápido a la Gran Biblioteca, donde están la oficina del maestro Eon y le cuentan lo ocurrido, el mismo se pasma al oír sus palabras, pero al no tener pistas de quien lo hizo, decide encargarse de investigar y averiguar que le ocurrió, y porque.
Luego de unos días se enteran que todo está relacionado a los espejos, debido a incidentes extraños relacionados, debido a que de ellos salen unas bestias extrañas, deciden ir al otro lado del espejo para derrotar a ese ser que fue derrotado, pero que ahora está afectando a los héroes y al mundo físico.