Spyro es un héroe optimista y algo descuidado, después de haberse ido de la academia Skylanders, se embarcara en una aventura para salvar a sus padres, pero primero debe entrenar y hacerse más fuerte para los nuevos desafíos que le esperan. No esperaba encontrarse con un lugar lúgubre y con un nuevo enemigo al asecho. Todo empieza cuando Spyro, guiado por el espíritu del Maestro Eon, aterrizan en la isla de la Gran Arboleda; donde según el viejo hechicero, viven un grupo de dragones elementales llamados: Los Guardianes. Este quiere que valla a su templó para entrenar, pero al aterrizar en el bosque a las afueras de un pueblo con estilo gótico, conocido por los lugareños como Edith. Percibieron cosas extrañas y ver criaturas sombrías escondidas entre los árboles, mientras están ahí. Son testigos de un extraño evento, donde pueden apreciar varias notas musicales doradas, bailando al compás de un leve vals, cuando el Maestro Eon curioso; toca una sin saber que son, se empieza a sentir raro, escucha cosas y tiene alucinaciones muy vividas, hasta llega a atacar a Spyro sin quererlo. También escuchan de un misterioso teatro de marionetas, el cual va a hacer una función dentro de dos días solo para dragones, todo lo que paso indica que el culpable yace dentro de la fortaleza.
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