Marina Quinn es una chica de 14 años que entra de interna en la academia Kadic, en Francia. Lo que no sabe es que pronto encontrará una nueva vida junto con Aelita, Yumi, Ulrich, Odd y Jeremy, y tampoco sabe lo que se encontrará por su camino cuando también conozca a William, el chico rebelde de la escuela. Lo que tampoco sabe es que estos chicos esconden un secreto: Son héroes y guerreros de un mundo virtual llamado Lyoko y necesita saber por qué hay tantos misterios en su nuevo instituto y por qué suceden cosas tan extrañas y misteriosas.