Deux ans après les évènements qui ont eu lieu à Bombay lors de la bataille entre les mutants héros et les mauvais mutants, le chaos n'a fait qu'empirer. Depuis que le nuage de mutation s'est évaporé sur Terre, les humains sont affectés par des pouvoirs et des transformations animales inexpliquées. Morpheus est toujours en fuite et les scientifiques décident de rassembler les mutants héros pour s'occuper de la situation. Malheureusement, les chefs des armées de la Chine, de la Russie et des États-Unis ne sont pas de cet avis, il faut éliminer tous les mutants...
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