La luce e l'oscurità. Il giorno e la notte. La vita e la morte. Conan Edogawa, la cui vera identità è quella del detective liceale Shinichi Kudo. Ai Haibara, sotto cui si nasconde in realtà la giovane Shiho Miyano, una ex scienziata della misteriosa organizzazione nera. Due persone, una l'opposto dell'altra, uniti dallo stesso destino. Ma sarà solamente il destino ad unirli? Conan riuscirà a distruggere l'organizzazione e a ritornare alla sua vecchia vita? E quale sarà il futuro di Ai? Quello che apparentemente è impossibile può diventare possibile?
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