Megaman x y su equipo deberán detener a Sigma y a sus 8 Mavericks, pero que pasaría si Sigma une fuerzas con el Malvado Dr. Robotnik y sus secuaces Sleet y Dingo, ahora dependerá de Megaman x junto con sus dos mejores amigos (Zero y Axl) deberán unir fuerzas con Sonic y sus hermanos Sonia y Manic y detener a Robotnik y a Sigma y salvar el planeta mobius.