Durante lo ocurrido en la Rebelion de Sigma, X se puso a indagar mas sobre del porque Sigma, el ex-lider de los Maverick Hunter provoco esta guerra, tras investigar y recordar sobre los ideales de Sigma, X junto a Cain propusieron mejores propuestas para una mejor coexistencia entre Humanos y Reploid, si bien lograron esa meta, aun habia Reploid que seguían los ideales de Sigma, otros por cuestiones personales, pero aun así X seguirá luchando para lograr la paz en este mundo, pero en una misión X se encontrara con algo que cambiara su vida total mente.