Dans le futur Konoha est une cité où le clonage et les êtres artificiels sont devenu légion. Dans ce monde en perdition, Naruto décide de venir y travailler après ses études. Il va se retrouver confronter à un monde hors du commun. Une découverte qu'il avait fait enfant va l'emmener à rencontrer les créateurs de Biotech qui sont à la base du clonage et sa vie va en être bouleverser. Clone, être artificiel, programmation, manipulation de la mémoire, Naruto va devoir rester bien ancrer dans la réalité pour ne pas se laisser emporter et qui sait ce qu'il finira par obtenir à la fin...