40 ans après les événements d'Inazuma Eleven, un collégien en troisième année du nom de Kimura Masato, remplaçant d'une équipe prématurément éliminée du tournoi national Football Frontier, a soif de prouver sa valeur. Lorsqu'un riche homme d'affaires annonce un projet complètement fou visant à révolutionner le football moderne japonais, Kimura y voit l'occasion rêvée de briller.
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