Aku dan Kamu di Gereja Jawa bercerita tentang pertemuan Yusak dengan Miryam. Pada awalnya Yusak ingin berkuliah di salah satu perguruan tinggi negeri. Setelah seleksi, Yusak diterima di Salatigan, sebuah kota yang berbeda dengan Worogeni tempatnya tinggal. Banyak orang berkata bahwa penggunaan bahasa Jawa di tempat itu sering digunakan, Yusak tidak yakin dengan kemampuan bahasa yang terasa masih baru untuknya. Namun, Yusak terus mencoba belajar. Pertemuannya dengan gadis dari Gereja Jawa yang bernama Miryam mengubah hidupnya. Pertemuan yang diawali ketika Yusak sedang mencari gereja terdekat untuk kebaktian selama di kampus. Pertama kali masuk ke Gereja Jawa, Yusak begitu kagum melihat suasana yang berbeda. Bahasa yang digunakan untuk memuji dan memuliakan Tuhan sangat berbeda dari gerejanya. Namun seiring berjalannya waktu, Yusak mulai memahami Gereja Jawa dan sesuatu muncul dalam hatinya. Dia jatuh hati kepada Miryam, kedekatan di antara mereka terus terjalin. Berbagai konflik terkadang membuat mereka saling memiliki prasangka buruk, tetapi mereka tetap bertahan hingga akhirnya mereka berpisah.