Cosa accadrebbe se Naruto sparisse come Sasuke la notte in cui si sono scontrati? Sasuke proseguirà il suo viaggio con quelli del suono, arrivando ad Orochimaru. Naruto verrà riportato a Konoha ferito dove verrà a conoscenza di informazioni che gli faranno cambiare punto di vista. Il suo sogno di Hokage non è più importante perché in Naruto nasce un nuovo sentimento, quello del risentimento verso le persone che gli hanno sempre mentito.
Dopo 4 anni Sakura incontra Sai e insieme a Kakashi trovano Sasuke con orochimaru. Ma nello stesso momento fa la sua comparsa l'Akatsuki dove Sasuke rimane sconvolto nel sapere che Naruto ne fa parte. La storia inizia da qui... un orochimaru voglioso di un nuovo copro, quello del biondo; Danzo che escogita una missione per rapire Naruto e il suo segreto. Sasuke verrà trascinato dagli aventi e si scontrerà con un Naruto tremendamente cambiato.