L'histoire se déroule cinq ans après la naissance de Naruto et toute sa générations. Konoha chercher des jeunes prodiges âge entre 13 et 14 ans pour les entraîner et en même temps installer une paix entre les villages. C'est ainsi que furent choisit les jeunes ninjas en fonctions de leur capaciter et de l'âge à laquelle ils sont sortie de l'académie. A Konoha les élus furent Aria Uchiwa, Itachi Uchiwa et Obito Uchiwa. A Yu les élus furent les jumeaux albinos Hidan et Lorna. A Iwa se fut Deidara. A Kiri se fut Kisame Hoshigaki. A Ame se fut Konan et Pain. A Suna se fut Sasori Akasuna. Enfin à Taki se fut Kakuzu. Tous furent choisis comme prodige de leur village et pour devenir de puissant ninjas pour défendre la paix.