Dans un monde où les démons à queue ont disparus pour permettre le règne long et durable de la paix, la civilisation humaine à bien avancer, amenant les anciens villages cachés (Konoha, Suna, Iwa, Kiri, Kumo) à disparaître pour laisser place à de nouvelles capitales bien plus fortes. Dans une époque semblable à notre ère, la culture des ninjas à presque entièrement disparu, n'atteignant aujourd'hui que le statut de légende.
Kaiko est une jeune orpheline, abandonnée par sa mère à son plus jeune. Forcer de rester dans la solitude la plus totale, elle se fait traiter de monstre car les habitants de la Capitale ont la sensation mortelle d'être observer quand elle se trouve autour. Mais un jour, une jeune fille d'un an de plus se présentera à elle. Elle déclare être comme elle et que son Bijû, l'être gardien qui protège son possesseur, lui a donner la mission de retrouver leur semblable...
Ainsi commence la folle aventure de Kaiko à la recherche des siens et fuyant ceux qui la rejetaient. Elle se mettra alors en quête de découvrir la vérité de ce monde et que sont advenus les Shinobis.
Tous les jours, nous rencontrons des personnes qui nous laissent totalement indifférents et un jour nous rencontrons celle qui change notre vie... Une rencontre qui chamboule tout, parce que c'est ainsi que la vie est faite : on se retrouve à un certain endroit, à un certain moment, et il suffit d'un regard à travers une pièce, d'une rencontre, d'une amorce de conversation, pour que la trajectoire de notre existence soit bouleversé à tout jamais.
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