Após vários eventos apocalípticos na Terra, a humanidade finalmente tomou consciência ambiental. Em 2029, um apocalipse biológico quase exterminou toda a humanidade e animais do planeta e aqueles que sobreviveram lutaram pela cura, passando a se reerguer apenas em 2049. Com a chegada de sua estabilidade em 2085, a humanidade havia conseguido reconstruir todos os recursos tecnológicos perdidos, focando suas pesquisas para desbravarem o espaço. Como a União dos países Independentes, I.C.U já não mais existia, a nova humanidade então formou a Aliança Gaia, com a missão de apreender relíquias, agente biológicos e armas que poderiam colocar em risco todo o ecossistema de planetas, como o que aconteceu com a Terra. Além da apreensão, eles aprenderam a restaurar atmosferas, faunas e floras de suas colônias iniciais no sistema Sol, tudo usando a tecnologia de reestruturação celular da Relife e os aparatos construídos pelos humanos sobreviventes ao longo dos anos, além dos primeiros contatos alienígenas ao longo do tempo. Apesar de ter ido a público a existência de vidas alienígenas mantidas confinadas pela Corporação durante a Hiperpandemia do Vírus Progenitor, estes só foram contatados em 2086, quando a humanidade foi visitada pelos elfos espaciais e uma antiga raça reptiliana rebelde, que abandonou as matrizes répteis para auxiliar raças inferiores a ascenderem no espaço. Essa história se passa no ano humano de 2102 e no meio dessa jornada, a nave de treinamento de Clark acaba sendo atacada por piratas do espaço, caindo em um planeta "terráqueo" inabitado, onde ele terá que lutar por sua sobrevivência e esperar por um novo recomeço, para só então poder realizar o sua ambição e esquecer o fato de ser um descendente direto da família Relifisher, fundadora da corporação que destruiu a Terra no passado.
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