El Dr. Eggman, después de tantos años, lo logró...
Finalmente venció a Sonic y se ha apoderado del 99% del mundo, ayudado por su nueva creación, Infinite. Sin embargo, se ha formado una resistencia que consiste en los amigos de Sonic y los alumnos de Canterlot High y el veloz erizo aún no está listo para rendirse así sin más.
Ahora, tienen que luchar para recuperar el planeta, pero con el ejército de Eggman teniendo nuevos y viejos enemigos no será fácil. Sonic, las Equestria Girls y sus amigos están por enfrentar a su mayor desafío hasta el momento.
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