Alors qu'Emmanuelle pensait profiter de vacances bien méritée en se rendant sur une île un peu éloignée de tout ce qu'elle a toujours connu, le bateau dans lequel elle naviguait se retrouve prit dans une violente tempête. Emmanuelle passe par dessus bord. Mais au lieu de finir noyée, elle atterrit dans le monde de Pokémon, un petit village appelé Rusti-Cité. Et, bien que perdue dans un lieu bien moins avancée que son époque, où elle ne connaît ni la langue ni les coutumes, elle essaie de s'adapter à son environnement. Après tout, son rêve a été réalisé. Emmanuelle peut enfin rencontrer des Pokémon et se lier d'amitié avec eux. Mais tout n'est pas parfait... Entre d'étranges faille d'où sortent des monstres surpuissants et cet étrange pouvoir qu'Emmanuelle a obtenu, beaucoup de mystères doivent être élucidés.
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