La agencia del detective Kogoro Mouri recibe una llamada inesperada de un supuesto terrorista que pretende hacer estallar una bomba. Kogoro no se cree lo ocurrido y en ese momento, ante sus ojos, ¡explota un coche! Ante la mirada de Kogoro, el terrorista le advierte que habrá más bombas y que morirán muchas personas si no resuelve un acertijo. "Un chico azul y una cebra azul. La lluvia cae desde arriba. La mano izquierda del chico señala el árbol de la izquierda." Kogoro, TN y Ran investigan por los alrededores de Beika, pero no logran encontrar alguna pista. Mientras tanto, Conan junto con Ai y la Liga Juvenil de Detectives están viendo un partido de fútbol entre los Big Osaka y el Tokyo Spirits. Conan se entera del incidente que se ha producido en la agencia tras una llamada que recibe de TN durante el partido. Mientras se está jugando el partido, Conan decide investigar e intenta descifrar el código, pero se enterará de un sorprendente hecho, ¡qué nadie podrá detener! "El momento" se acerca... ¿Quién resolverá el caso?
Además de todo eso, TN llevo a Beika a su hermano asiendo que la tensión con Shinichi crezca cada vez mas, a eso se le suma que Shinichi estaba sospechando del chico y que TN lo estaba encubriendo en algo ¿Qué le sucederá a la pareja?
Después de que Shinichi recupera su cuerpo y acaban con la organización de los hombres de negro, para evitar que Haibara sea arrestada por su participación en la organización deciden hacer borrón y cuenta nueva. Sherry murió así que ella seria Ai a partir de ahora, pero si exponían que Conan era Shinichi todo saldría a la luz, así que deciden fingir la muerte de Conan así desaparecería para siempre. Todos los involucrados pensaron que sería lo mejor.
Tiempo después, en una de sus batallas con Kaitou Kid antes de darse cuenta Kudo se ve acorralado por un grupo sospechoso que parecía seguir a Kid. Es salvado por el ladrón, pero Kid fue herido en el proceso. "¿quienes son esos hombres? ¿Por qué quieren matarte? Ya que me involucraste en esto merezco la verdad" "¿la verdad? Tu también me involucraste en algo detective y no creíste que merecía eso... ¿No es lo mismo que con el pequeño detective? Tantei-san... Yo también arriesgue mi vida y no fuiste sincero conmigo, la verdad... ¿por qué debería dártela dócilmente?"
(Los personajes son de la serie Detective Conan y Magic Kaito 1412, no son de mi autoria.)