El ataque de los clones de Kyo (Saga de NESTS parte 1 de 3)

Dos años han transcurrido desde el último torneo The King of Fighters, el The King of Fighters 97. Nada se sabe de Kyo Kusanagi y de Iori Yagami, los cuales han desaparecido después de que derrotaran a Orochi junto a Chizuru Kagura. K', un misterioso joven que no recuerda nada de su pasado ni de su identidad, ingresa al torneo. Se produce la nueva convocatoria del torneo The King of Fighters '99 y se envían invitaciones a los peleadores mas poderosos, invitándolos a un nuevo torneo, mas esta vez es más un asunto secreto y alejado de la vista del público que los del '96 y el '97, y cada equipo ahora tiene un miembro adicional. Asimismo, el organizador del torneo se mantiene en secreto.