La historia sigue a un entrenador Pokemon llamado Alex, quien esta entrenando a su fiel compañera, una Popplio a la que llamo Amy.
Un día, Alex y amy se encuentran con un misterioso pokemon cuando estaban de campamento con sus amigos. y en un momento de descuido, el pokemon los ataca con un extraño movimiento y hace que Alex y amy intercambien de cuerpo.
Ahora, Alex se encuentra atrapado en el cuerpo de amy, mientras que amy está en el cuerpo de Alex. Esto resulta en una situación desastrosa, ya que Alex no puede comunicarse con otros humanos en su forma actual y Amy tendrá que tomar rol de entrenador/a.
Con la ayuda de un grupo de amigos, Alex y amy intentan encontrar una manera de revertir el intercambio de cuerpo y recuperar sus formas originales.
Una historia de entrenadores pokemon que llevan estando juntos desde hace Años, un dia ellos salen de su casa a conseguir sus propios pokemon y la historia comienza