Há séculos, uma batalha épica travada entre os reinos da Terra e da Exoterra decidiria o destino de ambos os mundos. Em um universo repleto de dimensões e seres poderosos, um torneio lendário, conhecido como Mortal Kombat, foi estabelecido para determinar o destino dos reinos e impedir que a Exoterra conquistasse a Terra.O Imperador da Exoterra, Shao Kahn, um tirano sedento por poder, deseja subjugar a Terra e assim expandir seu reino maligno. Shao Kahn está determinado a destruir a paz e dominar a humanidade.
Nesse cenário sombrio, lutadores corajosos e habilidosos são convocados de diversos cantos da Terra para participar do torneio. Suas habilidades são essenciais para a sobrevivência da humanidade. Cada lutador possui sua própria motivação, seus segredos e habilidades únicas que serão testados nas batalhas sangrentas de Mortal Kombat.Entre os protagonistas, encontramos Liu Kang, um jovem monge Shaolin que busca honrar a memória de seus ancestrais e defender sua terra natal. Sonya Blade, uma destemida agente das Forças Especiais dos Estados Unidos, está determinada a capturar Kano, um criminoso brutal e membro da organização criminosa Black Dragon. E Johnny Cage, um famoso ator de filmes de ação em busca de provar sua coragem e habilidades reais de luta.No entanto, o desafio não se limita apenas aos lutadores. Existe uma antiga profecia que prevê a chegada de um guerreiro especial, conhecido como "O Escolhido", que terá o poder de derrotar Shao Kahn e salvar a Terra do iminente apocalipse.
Após a vitória no Mortal Kombat, os guerreiros da Terra acreditavam ter conquistado a paz. Mas o mal nunca descansa. Derrotado, o feiticeiro Shang Tsung implora por misericórdia diante do impiedoso imperador da Exoterra, Shao Kahn. Em sua fúria, o imperador arquiteta um novo plano: atrair os campeões da Terra para um segundo torneio, desta vez em seu próprio domínio; onde ele dita as regras e onde a morte é inevitável.
Guiados por Raiden; Liu Kang, Johnny Cage, Sonya Blade, Jax e Kung Lao aceitam o desafio, cientes de que estão caminhando direto para a boca do inferno. Na Exoterra, eles enfrentarão horrores inimagináveis, guerreiros mortais, além do retorno de sombras do passado...como Scorpion e Sub-Zero.
Enquanto a guerra entre reinos se intensifica, cada combate é mais do que uma luta, é uma decisão entre vida e morte...