Protectie van Legendarische Pokemon

Drie trainers hebben elk een eigen doel, maar nog voor ze zelf maar daaraan kunnen denken zijn er criminelen bezig met het op stang jagen van legendarische pokemon. Terwijl de ene trainer drie legendarische vogels moet zien te beschermen tegen Team Rocket, moet een andere trainer door dezelfde criminele organisatie zien te zorgen dat een woedend gemaakte pokemon welke nog nooit eerder gezien is kalmeert om nog meer verwoestingen te voorkomen. Tegelijkertijd is een derde trainer op weg naar de volgende gym, als ineens de zee verraderlijk woest wordt nadat er een enorme schaduw onderlangs deze trainer is gegaan.

Dat de legendarische pokemon gevaar lopen door criminele organisaties is geen geheim, maar zouden zij ooit nog veilig zijn en zou het de drie trainers lukken om alle pokemon en mensen te beschermen, terwijl ze ook nog hun eigen doelen proberen te bereiken?