Un chico llamado Miles Morales se esfuerza por equilibrar su vida como estudiante en su nueva escuela, pero todo cambia cuando Wilson Fisk, el "Kingpin", desencadena el caos interdimensional con un Super Colisionador. Aparece en escena un nuevo Spider-Man, Peter Parker, procedente de otra dimensión.
Mientras Peter se convierte una especie de mentor de Miles para perfeccionar sus nuevas habilidades arácnidas, se unen a ellos un quinteto de héroes de diferentes universos: Gwen Stacy, Spider-Man Noir, Peni Parker, otro Peter Parker mayor y Spider-Ham.
Cuando el choque de dimensiones amenaza con destruir Brooklyn, Peter y Miles deben liderar a este equipo arácnido para detener a Fisk, restaurar la paz y regresar a cada héroe a su respectivo universo.