Topas, eine ursprünglich aus der Sinnoh-Region stammende Trainerin, zieht mit ihrer Familie von Jotho in das kleine Dörfchen Wurzelheim in der Hoenn-Region. Nachdem ihr kleiner Halbbruder Rubin von Zuhause abhaut, bricht auch Topas zu einer Reise auf. Mit dem Ziel, ihren Bruder vor seinem Vater Norman, dem Arenaleiter von Blütenburg City, zu finden. Doch bald darauf erfährt sie, eher durch Zufall, von zwei verbrecherischen Mächten, die Hoenn unsicher machen und ihre Reise verläuft daraufhin nicht mehr so, wie sie es am Anfang geplant hatte.
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