Miracle Girl sigue la historia de Lucy, una joven ordinaria que se transforma en una heroína poderosa después de recibir el amuleto del guardián de un ángel moribundo. Armada con habilidades sobrenaturales, Lucy se convierte en Miracle Girl y se enfrenta a las fuerzas del mal que amenazan su ciudad. Con la ayuda de su aliado y su valentía innata, Miracle Girl lucha contra brujas que poseen los "latigos fantasma" unas armas sobrenaturales o mas bien latigos que cuando golpean la sombra de un humano pueden crear monstruos y otras criaturas sobrenaturales al hacerlo la persona queda inconciente y si la sombra n o es destruida antes del anochecer la misma se fundirá con la noche y la persona morirá y también pueden crearlas en base a objetos inanimados y las sombras tienen su poder en base a que o quien pertenece la sombra . Lucy pelea para proteger, a los inocentes y descubrir su verdadero destino. A medida que avanza en su misión, Lucy también debe enfrentar sus propios temores y desafíos personales, convirtiéndose en una verdadera heroína en el proceso.
16 parts