Ryouko Otonashi jest uczennicą Akademii Szczytu Nadziei - elitarnej szkoły, która przyjmuje tylko utalentowanych uczniów: Najlepszych z najlepszych z najlepszych, niezależnie od ich pochodzenia czy stanu majątkowego. Niestety, dziewczyna cierpi na amnezję następczą i po kilku minutach zapomina o wszystkim, czego się dowiedziała. Aby dać sobie z tym radę, Ryouko zawsze nosi przy sobie zeszyt, w którym zapisuje ważne wydarzenia i informacje o osobach, które spotkała. Ryouko udało się zapamiętać tylko jednego człowieka: lekarza, a zarazem przyjaciela studiującego medycynę w nadziei, że znajdzie sposób, by pomóc dziewczynie - superlicealnego neurologa, Yasuke Matsudę. I nie, to nie jest żadna tkliwa opowieść o miłości oraz nieuleczalnej chorobie. Ktoś, czy też może raczej coś, opracowało plan mający na celu pogrążyć cały świat w rozpaczy. Projekt ten jest ściśle związany z „Najgorszym, najbardziej bestialskim incydentem w historii Akademii Szczytu Nadziei". Kilku uczniów próbujących odkryć prawdę o incydencie spotka się nie tylko z osobami, która go spowodowały, ale i z oficjelami, którzy zatuszowali całą sprawę. Pośrodku tych wszystkich wydarzeń znajduje się Ryouko wciągnięta w wir wydarzeń przez siły, których nie rozumie i nie potrafi kontrolować.