Han pasado 7 largos años desde el ataque de Nanaitsumi. El matrimonio de Naruto y Sakura no ha sido nada fácil.
Ambos han vivido momentos difíciles e y creyendo que la mejor manera de superar los problemas que existían a nivel de pareja era no contar sus problemas a la otra persona. Naruto se ha vuelto frío y distante con todos, aunque revista dicha frialdad con amabilidad. Su obsesión es encontrar cura a la maldición a la que Nanaitsumi, el señor de los Siete Rostros, ha sometido a Sakura. Sakura, en cambio, se obsesiona por su problema. A pesar de ello, tras muchas dificultades consiguen sobreponerse a los problemas.
Mientras tanto, Naruto ha tomado como discípulos a Sora, Hikaru y Yuna (niña a la que salvó de pequeña de las garras de la organización criminal Suha liderada por Nanaitsumi), quienes guardan una gran similitud con el Equipo 7. Son días que parecen ser felices. Sin embargo, es consciente de que fuerzas ocultas pugnan por salir a la luz e iniciar una guerra. Los esfuerzos que realiza con el Señor Feudal del País del Fuego (y líder de una organización internacional llamada la Confederación de Naciones que busca crear una unidad de países) y su heredera, la princesa Shion, son cada vez más insoportables. Naruto se siente solo y que no puede confiar en nadie, ni siquiera en Sakura a quien no quiere molestar con sus problemas.