Años después de finalizar la Cuarta Guerra Ninja las Cinco grandes aldeas ninja mantienen su alianza vigente, el tratado de paz entre las potencias militares ayudo al avance económico, tecnológico y cultural de los Países a lo largo del mundo. Mas esa paz se ve alterada cuando un grupo de criminales organizados conocidos como "Los Runin", provenientes del Pais del Hierro, estos comienzan a revelar información delicada de cada una de las cinco aldeas ninja, la confianza y la paz en la alianza se ve perturbada tras la revelación de sucios secretos por parte de cada aldea, amenazando con romper la Alinza.