En el año 2020, exactamente ocho años después de la muerte de Korosensei, cada uno de la clase E va por su propio rumbo. Karma, ahora un importante burócrata ha recibido una oferta de trabajo en el extranjero y suerte de él cuando bajó el teléfono porque cinco segundos después, una extraña sonda en forma de red que invade todo aparato con pantalla y vuelve loca a la gente. Inmediatamente y ante los ojos de Karma, todo se vuelve un completo apocalipsis en pleno día en Tokio. Ahora su misión es reunir a la antigua clase E y sobrevivir cueste lo que cueste.