5 años han pasado, recientemente, un chico, ahora con 18 años, regresa a el lugar donde vivió toda su infancia, "Ciudad Crossover" en busca de una nueva vida, lamentablemente para él, el pasado no lo iba a dejar escapar tan fácilmente, tras la desaparición de 4 personas importantes para él, tiene que reaparecer en el mapa, lo que implica levantarse en armas por lo hostil que es toda Ciudad Crossover.
Con tus babosas, Pokémon, ejército de Pikmin y sus propias habilidades, tus aliados y tú deberán enfrentarse a todas las facciones enemigas con el objetivo de brindar seguridad a Ciudad Crossover, mientras Pea a su vez repara el daño que ya había hecho desde antes.