Todo lo que pasa en esta historia se sitúa después de que Asuka y Shinji derrotaran a Israfel, el Séptimo Ángel. Una parte de Adam (Kaworu) intenta llegar al centro de NERV con la ayuda de ángeles creados artificialmente por Seele. Gendo intenta detenerlos con los tres Evas (Shinji, Asuka y Rei), dando como resultado que los Evas fueran gravemente dañados, obligando a Gendo a tener que usar el plan B (viajar a otro universo) para que su plan de traer de vuelta a su esposa no se viera perjudicado.
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