Han pasado varios años desde los eventos de Kamen Rider 555, y el mundo parece estar en paz después de las luchas entre humanos y Orphnochs. Sin embargo, un nuevo enemigo surge de las sombras, amenazando con sumir al mundo en un caos aún mayor. Mientras los Riders originales, Takumi Inui (Kamen Rider Faiz), Syuji Mihara (Kamen Rider Delta), y Kiba Yuji (Kamen Rider Kaixa), intentan mantener la paz, se dan cuenta de que la amenaza actual es diferente a todo lo que han enfrentado antes.
El enemigo, conocido como "Dark Innovate", posee el poder de controlar las mentes humanas y sumirlas en la oscuridad. No solo pueden convertir a los humanos en Orphnochs, sino que también pueden corromper a los Riders existentes. Takumi, Syuji y Yuji deben enfrentarse a sus propias dudas y temores mientras intentan detener esta nueva amenaza.
La trama se centra en la lucha tanto contra Dark Innovate como contra sus propios demonios internos. Mientras tanto, un misterioso individuo llamado "Kamen Rider Dark Necrom Blue" aparece, ¿Amigo o enemigo? Nadie lo sabe.
A medida que la trama se desarrolla, los personajes deben lidiar con la oscuridad en sus corazones y la complejidad de la moralidad en un mundo lleno de sombras y grises.
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