Después de la guerra del santo, grial shirou estaba feliz, rin le había logrado dar una segunda oportunidad de vida a saber, Sakura se había desligado completamente de la familia Matou después de su "desliz" que casi destruye a la humanidad. Rin decide llevar a sakura a la torre del reloj para que controle su poder y saber las acompañó como guardaespaldas de ambas...pero shirou decidió quedarse en fuyuki y tener un momento de paz para pensar mejor su futuro, después de años el trio de mujeres regresa a fuyuki pero se encontraron algo sorprendente además de que los problemas empiezan a caer en la casa Emiya.