Las tensiones estallan en el reino de los búhos cuando las fuerzas del mal declaran la guerra a los protectores del bien. Enfurecido por su enfrentamiento con Soren e impulsado por un deseo de poder que todo lo consume, Kludd y su grupo, los Puros, lanzan un ataque contra el Gran Árbol Ga'Hoole. Los nobles búhos que viven allí deben luchar ferozmente para proteger sus recursos y defender su honor. Mientras tanto, Soren es llamado por los ancianos del gran árbol para liderar una misión de regreso al único lugar que pensó que nunca volvería a ver: la Academia San Aegolius para Búhos Huérfanos. Él y su equipo tendrán que entrar en San Aegolius como espías, y luego salir sin ser vistos una vez que su trabajo esté hecho. Soren escapó una vez de los rocosos confines de San Aggie. Si quiere recuperar la paz, deberá hacerlo de nuevo.