El doctor eggman luego de los sucesos de Sonic prime decide regresar a por el prisma paradox pero está vez Sonic no pudo salvar el día a tiempo y todo el mundo cambió literalmente de Vidas. Ahora Silver el erizo atrapado en el rol de Sonic pero con recuerdos de la antigua línea temporal deberá intentar restaurar el tiempo junto a Amy Rose la forma de vida definitiva y shadow el viajero del tiempo a una batalla contra el Imperio de Eggman y su arma más mortal hasta la fecha; El paradox Time. Pero lograrán restaurar todo a como estaba antes o tendrán que quedarse con sus nuevos roles para el resto de sus vidas?