Fate/Zero ocurre 10 años antes de los acontecimientos de Fate/stay night, en la cual se detalla los sucesos que desencadenaron en la 4.ª Guerra por el Santo Grial en la ciudad de Fuyuki. La Guerra por el Santo Grial es un ritual en la cual siete magos, los Masters, convocan a siete espíritus heroicos, los Servants, que librarán batallas entre sí, y en donde el último equipo en sobrevivir, podrá obtener el Santo Grial, el cual puede conceder cualquier deseo. Después de tres guerras inconclusas en las cuales no hubo un ganador, la Cuarta Guerra por el Santo Grial está a punto de empezar.
El Grial fue creado hace siglos atrás por las familias Einzbern, Matoû y Tōsaka. Los Einzbern, después de tres fracasos sucesivos, están decididos a obtener el Grial a cualquier costo, y por eso deciden en representación de ellos enviar como Master en esta Cuarta Guerra a Emiya Kiritsugu, un asesino de magos). Él es un mercenario de élite sumamente conocido, tanto por su reputación como por sus tácticas, ya que es capaz de hacer cualquier cosa para lograr su objetivo. A pesar de que en el pasado Kiritsugu deseaba ser un héroe justiciero y salvar a todo el mundo, decidió abandonar su ideal al darse cuenta de que el salvar la vida de una persona siempre costará la vida de otras. Es así como inicia a asesinar despiadadamente a quien sea con tal de obtener la paz de otros. Es decir, inclinar la balanza donde pueda salvar más vidas.
Sin embargo, Kiritsugu se encuentra profundamente dividido entre el amor que él quiere dar a su nueva familia -su esposa Irisviel Von Einzbern y su hija Illya- y el objetivo que deberá conseguir en esta Cuarta Guerra.
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