Die Autobots stehen vor einer schweren Entscheidung, als sie sich entscheiden müssen, ob sie Projekt Cronos und ihre Schöpfung Subjekt bekämpfen oder ob sie zusammenarbeiten sollen, um Unicron aufzuhalten. Optimus Prime und Megatron müssen sich ihrer eigenen Vergangenheit stellen und alte Konflikte überwinden, um eine gemeinsame Front gegen die Bedrohung zu bilden.
Währenddessen kämpfen die Menschen auf der Erde mit der Realität, dass sie sich mitten im Krieg der Transformer befinden. Einige schließen sich Projekt Cronos an, um gegen die außerirdischen Eindringlinge zu kämpfen, während andere sich mit den Autobots verbünden, um die Erde zu verteidigen.
Inmitten all dieses Chaos entwickelt sich zwischen den Charakteren eine Vielzahl von Beziehungen, sei es zwischen Autobots und Menschen, Autobots und Decepticons oder sogar innerhalb der eigenen Fraktion. Liebe, Vertrauen und Loyalität werden auf die Probe gestellt, als die Charaktere lernen müssen, zusammenzuarbeiten, um eine gemeinsame Gefahr abzuwenden.
Am Ende müssen die Autobots, Decepticons und Menschen zusammenkommen, um Unicron zu besiegen und die Erde vor der Zerstörung zu bewahren. Es wird eine epische Schlacht zwischen Gut und Böse geben, die das Schicksal des Universums für immer verändern wird.